1996年の初登場から現在に到るまで、アーケード版7タイトルがリリースされている傑作2Dアクションシューティング・・・それが“メタルスラッグ”シリーズ。ショット＆ジャンプというシンプルな操作でありながら、多彩なアクションと絶妙なゲームバランスで、多くのファンを魅了してきた。また、極限まで緻密に描き込まれたドットグラフィックは職人芸とまで言われ、アクションゲームファン以外からも高い評価を得ている。

20XX年、世界は軍事クーデターによりモーデン元帥の手に落ちた。彼ら反逆軍は正規軍の秘密工場に奇襲をかけ、開発中の万能戦車「メタルスラッグ」を手中にする。この一刻の猶予も許されない事態に、正規軍特殊工作部隊ペルグリン・ファルコンズ（通称PF隊）に所属するマルコとターマが挑む！

前回の大戦から2年が過ぎても、世界各地で散発的な反乱が発生していた。そこにモーデン元帥の影を感じ取った正規軍の参謀本部は、マルコとターマに第二次クーデター勃発を防ぐ任務を与える。さらに、今回は情報局特殊部隊スパローズ所属のエリとフィオとの共同作戦が義務づけられていた。

再びクーデターを食い止めたマルコとターマ。しかし残党狩りの中で2人は、モーデンの存在を感じていた。そして、同時に世界の異常気象や怪事件の調査を行っていた情報部は、さらなる脅威を察知する。マルコら4人が残党軍の潜む孤島へ潜入したのを皮切りに、史上最大のミッションが始まった！

各国軍事システムを乗っ取るコンピュータウイルス「ホワイト・ベイビー」の誕生と発信がネット上で予告された。
これを受け、テロ組織「アマデウス」の殲滅作戦が決議され、PF隊はマルコとターマに加え、若手のトレバーとナディアを選抜。彼らは出撃前に送られた衛星画像にモーデンの姿を発見する。

次世代メタスラを開発中の研究所が襲撃を受け、機密ディスクが強奪された。これを奪還するためにマルコとターマはその行方を追う。一方、エリとフィオは調査に訪れた古代遺跡で、一連の犯行が武装組織「プトレイマイック・アーミー」によるものだと知った。機密奪還と組織壊滅のため、4人が再び集う！

"メタルスラッグ3"での大戦から間もなく、正規軍情報部には未確認飛行物体や宇宙人の目撃情報が寄せられていた。そして、ある山岳地帯でモーデン軍らしき一団が潜伏しているという情報が入ると、参謀本部はマルコたち4人を召還。新たに傭兵のラルフとクラークを含めた精鋭たちが、最後の任務に挑む！

徹底的に破壊された正規軍本部とその周辺都市も、驚異的な速度で進む復興作業により徐々に破壊の爪痕を薄れさせた。かつての都市以上の活気と秩序を感じ始めた頃、ゴミ問題を報じるある番組にモーデン兵らしき人物が映っている映像が送られてくる。マルコたち4人にラルフとクラークが、モーデン兵が潜伏すると思われるゴミの島へと潜入開始する！